

После взятия Иваном Грозным Казани к 1557 году основная часть Башкирии добровольно вошла в состав Русского государства. Управление Башкирией шло из Казани, но из-за большой удаленности это было непросто. В 1573 году башкиры обратились к Ивану Грозному с просьбой построить на их земле крепость.
В Троицын день 30 мая 1574 года отряд московских стрельцов высадился в устье рек Сутолоки и Ногайки. Здесь же на берегу возведено первое городское здание Уфы — небольшая обыденная церковь, названная в честь праздника Троицы. В 1574 году на Троицком холме, отрядом стрельцов во главе с воеводой Иваном Нагим возведён Уфимский кремль. В 1586 году Уфа получает статус города и становится административным центром Уфимского уезда.


В мае 1759 года в Уфе произошла трагедия. Молния угодила в Михайловскую башню Уфимского кремля. Старый деревянный кремль и 210 домов поглотил огонь. Кремль больше не восстанавливали, на его месте возник административный центр города. С XVIII века в Уфе проходила крупнейшая в крае конская ярмарка.
В 1773-74 годах, во время Крестьянской войны, Уфа смогла дважды выдержать осаду пугачевских войск под командованием Чики (И.Н. Зарубина). На помощь осажденному городу пришло войско И.И. Михельсона, около Уфы шли ожесточенные бои. Чика был схвачен и брошен в каземат под колокольней Смоленского собора. Спустя 8 месяцев там же оказался и Салават Юлаев.





